Molte malattie gastro-intestinali vengono attualmente diagnosticate per mezzo dell’esame endoscopico. Questa tecnica permette di osservare direttamente il tratto del canale alimentare interessato dalla malattia. L`Endoscopia Digestiva può essere distinta in Endoscopia del tratto superiore del canale alimentare (Esofagogastroduodenoscopia), che consente l`eplorazione dell`Esofago, dello Stomaco e del Duodeno, ed endoscopia della parte inferiore del canale alimentare (Rettocolonscopia), che permette di esplorare tutto l`intestino crasso ed, ove necessario, le ultime anse ileali.
Un ulteriore esame endoscopico, eseguibile con un particolare endoscopio a visione laterale, è la colangiografia retrograda endoscopica che consente, tra le altre applicazioni, la visualizzazione dell`albero biliare e dei dotti pancreatici, l`estrazione di formazioni calcolotiche e l`impianto di apparecchi protesici per ristabilire il drenaggio delle vie biliari e del pancreas nel duodeno. L`endoscopia, pertanto, è indicata quando si ritiene che una visione diretta del canale alimentare possa consentire di identificare la malattia.